
Ce venin contient deux toxines particulièrement dangereuses : La première, PhTx3, est un neurotoxique extrêmement puissant, qui bloque les canaux à calcium et la libération de glutamate. Cet effet se traduit par une perte sévère du contrôle musculaire pouvant amener à l'asphyxie. En plus de la perte du contrôle musculaire, l'action sur des récepteur de sérotonine (5-HT4) au niveau de la morsure provoque une inflammation grave des nerfs sensitifs, augmente la libération de substance P connue pour son rôle dans le ressenti de la douleur. Le venin de Phoneutria nigriventer provoque donc une réaction très vive et douloureuse. L'araignée elle même apparait dans le Guiness book 2010 comme l'espèce d'araignée ayant le venin le plus puissant.
Une autre toxine composant ce venin, la Tx2-6 provoque de fortes et douloureuses érections par stimulation nerveuse, qui peuvent durer plusieurs heures. Tx2-6 augmente le taux d'acide nitrique à l'intérieur du pénis, provoquant des réactions physique-chimiques en chaine entrainant l'érection. La toxine est conséquemment étudiée actuellement dans l'espoir de synthétiser un traitement des troubles érectiles.
En termes de capacités venimeuses, l'araignée-banane est trois fois plus dangereuse, cependant, que la veuve noire : une dose de 0,05 mg peut tuer un homme de 80 kg, tandis que le venin de veuve noire est mortel à partir de 0,16 mg.